La Akademio enhavas Sekciojn, kiuj prizorgas diversajn lingvajn kampojn de la Akademia laboro. La Sekcioj ne estas fiksitaj, sed estas kreataj laŭbezone. Ĉiun Sekcion gvidas Direktoro. Ĉiu Akademiano povas aparteni al pluraj Sekcioj, laŭ sia intereso.
Nun ekzistas la jenaj Sekcioj (la informoj validas de Oktobro 2010):
| Sekcio | Direktoro |
|---|---|
| Faka Lingvo | Christer Kiselman |
| Gramatiko | Otto Prytz |
| Ĝenerala Vortaro | Bertilo Wennergren |
| Konsultejo de la Akademio de Esperanto | Alexander Shlafer |
| Literaturo | Paul Gubbins |
| Prononco | Probal Das Gupta |
| Kontrolado de lerniloj | Marc Bavant |
La Akademio ankaŭ havas Komisionojn, kiuj plenumas diversajn ne-lingvajn taskojn. Ĉiu Komisiono estas gvidata de Direktoro.
Ekzistas la jenaj Komisionoj (la informoj validas de Oktobro 2010):
| Komisiono | Direktoro |
|---|---|
| Historio de la Akademio de Esperanto | Carlo Minnaja |